Atualmente, a estrutura organizacional do Projeto Geoparque Sertão Monumental é liderada pelo Grupo de Trabalho (GT-GSM) e composta pelos Comitês Executivo e Científico e instituições colaboradoras. O Comitê Executivo é encabeçado pelas prefeituras municipais de Quixadá e Quixeramobim, IFCE e SEMA, contando também com a participação de diversas outras instituições, tais como SECULT-CE, SETUR-CE, SEDUC-CE, CAOMACE, IDM e SEBRAE. Por sua vez, o Comitê Científico é constituído por pesquisadores de diversas instituições de pesquisa, incluindo o Serviço Geológico do Brasil, UFC, UECE, IPHAN, IFCE e Geopark Araripe.