O geossítio Gruta de São Francisco está situado 8 km a este de Quixadá. Partindo do centro da cidade de Quixadá o acesso é feito pela rodovia estadual CE-265 na direção de Ibicuitinga. Depois de percorridos 7,5 km pegar estrada carroçável na margem esquerda da estrada e percorrer 500 m até o geossítio.

O sítio é um inselbergue com cerca de 20 metros de altura, onde predominam processos de dissolução (Inselbergue do Tipo 1), com uma expressiva ocorrência de caneluras e bacias de dissolução (Vasques). É constituído por granodioritos do Batólito Quixadá, apresentando veios de quartzo de grande porte ao longo do afloramento rochoso.

A denominação de Gruta de São Francisco para o geossítio se deve a existência de um santuário em uma cavidade da rocha, onde foi colocada uma imagem esculpida em rocha granítica com 5 metros de altura, que representa São Francisco de Assis. No local foi construída uma capela com capacidade para cerca de 100 pessoas, utilizando-se rochas graníticas retiradas nas proximidades do santuário.